Крокодили Джонстона можуть стати жертвою акул, динго, гігантських або строкатих варанів і великих пітонів, але особливо великих представників цього виду в дикій природі можуть з'їстимабуть, тільки дорослі гребнисті крокодили.
В Америці, Японії, на Кубі та інших країнах цих рептилій розводять на фермах. І тільки коли крокодил досягає 15-річного віку, його можуть вживати у їжу. М'ясо крокодила давно використовується у їжу там, де живуть ці хижаки – у Південно-Східній Азії, Африці та Південній Америці.
Яйця крокодилів теж являють собою ласощі для варанів, гієн, лелек і навіть людей.